В 1930 году произошло выделение медицинского факультета из состава университета, и молодому выпускнику биологического отделения была поручена работа по организации и заведованию кабинетом биологии. В 1938 году Владимиру Антоновичу была присвоена степень кандидата наук без защиты диссертации, по совокупности опубликованных научных работ. В это же время он создает кафедру физиологии человека и животных, которой будет заведовать до 1982 года. Профессор Пегель служил проректором по учебной работе, проректором по научной работе, 10 лет возглавлял НИИ биологии и биофизики ТГУ.
