В настоящее время площадь заповедника составляет 401 811 9894 кв.м +110 9301 кв.м , из них:
- в Тисульском районе S = 95 109 9508 кв.м;
- в Новокузнецком районе S = 233 681 5866 кв.м;
- в Междуреченском районе S = 73 020 4520 кв.м.
Решением Малого Совета, областного совета народных депутатов Кемеровской области № 213 от 28.09.1993 г. на прилегающих к территории заповедника участках земли и водного пространства создана охранная зона с ограниченным режимом природопользования.
Постановлением Совета Министров Республики Хакасия от 22.08.1995 г №200 г. создана охранная зона на территории гослесфонда Горячегорского, Саралинского, Копьевского лесхозов шириной 500 метров.
Распоряжением Администрации Кемеровской области № 231-р от 12.04.1995 в целях устранения негативного воздействия на бассейн реки Тайдон расширена охранная зона заповедника в Крапивинском районе на на 94 159 га.
В настоящее время общая площадь охранной зоны заповедника составляет:
S = 223 460 0147 кв.м. + 82 7252 кв.м.
Из них:
- в Тисульском районе S = 23 249 5525 кв.м;
- в Новокузнецком районе S = 42 040 8987 кв.м;
- в Междуреченском районе S = 52 275 4409 кв.м;
- в Крапивинском районе S = 96 732 2809 кв.м;
- в республике Хакасия S = 9 161 8417 кв.м
Заповедник занимает центральную высокогорную часть хребта Кузнецкий Алатау, являющегося частью Кузнецкого нагорья в составе Алтае-Саянской горной области. В переводе с тюркского «Ала-Тау» – «Пестрые горы». Характерной чертой для этой горной страны является наличие плоских и куполообразных гольцовых вершин, на которых развиты различные варианты тундр и курумов – каменистых россыпей – свидетельств эпохи оледенения. Сплошного оледенения, как считают ученые, на территории Кузнецкого Алатау не было. Самая высокая точка хребта в заповеднике — г. Большой Каным (1872 м н.у.м.) («Каан»(тюркс.) – «Царь»). Также выделяются отдельные гольцы и вершины Крестовая (1549 м н.у.м.), Большой Таскыл (1447 м н.у.м.), горы Чемодан (1357 м н.у.м.), Медведь, Открытая, Большая Церковная (1449 м н.у.м.), Малая Церковная (1087 мм н.у.м.), Заячья (1301 м н.у.м.), Плоская (1308 м н.у.м.) и др.
60% территории заповедника покрыто таежными лесами, являющимися источником кислорода для жителей Кузбасса, испытывающих дефицит чистого воздуха и чистой воды.
К настоящему моменту в заповеднике зарегистрировано 58 видов млекопитающих(среди них медведь, марал, лось, косуля, лесной северный олень, рысь, соболь, заяц, выдра, бобр); 281 вид птиц; 1069 видов насекомых; 618 видов сосудистых растений; 323 видов мхов. Из них 36 видов растений и 79 видов животных занесены в Красные книги различного ранга.
Заповедник является ядром воспроизводства охотничье-промысловых животных для прилегающей территории. Соболь, медведь, росомаха, бобр, не испытывая в заповеднике пресса охоты, достигают значительной численности, что подтверждается учетными работами. Расселяясь, животные выходят на сопредельные территории, пополняя охотничьи ресурсы Кузбасса. К сожалению, заповедник не может в достаточной мере повлиять на рост численности копытных, т.к. большинство из них в осенний период покидают его территорию, попадая в промысловые угодья.
Природные лечебные ресурсы заповедника представлены, в основном, лекарственными растениями: родиола розовая, маралий корень, пион уклоняющийся, бадан, володушка золотистая, зверобой продырявленный, черника, лук победный (черемша). Всего на территории заповедника произрастает 232 вида лекарственных трав.