Федеральное государственное научное учреждение «Научно-исследовательский институт экологии рыбохозяйственных водоемов» (организован в 1908 году) является ведущей организацией отрасли в вопросах рыбоводства и рыболовства Центральной Сибири, курирующей исследования в водоемах Красноярского края, республик Хакасии и Тывы.
Институтом проводятся исследования на основных рыбохозяйственных водоемах Енисейского рыбохозяйственного бассейна.
В области охраны окружающей среды:
- Оценка ущерба, наносимого рыбохозяйственным водоемам различными видами хозяйственной деятельности.
- Разработка рыбохозяйственных разделов в рамках ОВОС.
- Разработка рыбоводно-биологических обоснований.
- Разработка программ по рыбохозяйственной мелиорации водоемов.
- Оценка эффективности рыбозащитных систем на водозаборах.
- Обоснование и внедрение комплексных мер по рекультивации водоемов, подвергшихся значительному техногенному воздействию; рыбохозяйственная мелиорация водоемов.
- Разработка проектов создания и развития особо охраняемых природных территорий с целью поддержания природного биоразнообразия.
- Мониторинг водных экосистем.
В области рыболовства:
- Экспедиционные исследования по оценке состояния водных биологических ресурсов бассейнов рек Енисея (включая Ангару, Красноярское, Саяно-Шушенское, Богучанское водохранилища), Пясины, Таймыры, Хатанги, в Енисейском заливе и прибрежных водах Карского моря для освоения соответствующих популяции видов рыб, ежегодный прогноз общего допустимого улова (ОДУ).
В области рыбоводства и воспроизводства рыбных запасов:
- Разработка и внедрение эффективной биотехнологии искусственного воспроизводства и товарного выращивания ценных видов рыб в целях увеличения продуктивности естественных и техногенных водоёмов.
- Искусственное воспроизводство лососевидных видов рыб. В рамках разработки новых технологий и нормативов, направленных на увеличение запасов промысловых видов рыб и повышение эффективности работы рыбоводных предприятий, проводится отработка технологии подращивания молоди в условиях временных рыбоводных комплексов.